江西省微生物学会原属中华医学会江西分会，于1957年成立。1959年根据中共江西省委决定改称为江西省医药卫生学会微生物学会。理事会由易煌、林启鹏、赖东跃、邱明庆、林世流5人组成，易煌为理事长。
1963年江西省医药卫生学会撤消，微生物学会成为独立组织，办公室设在中国医学科学院江西分院。同年11月27日中国微生物学会第三届全国会员代表大会在北京召开，易煌代表江西会员出席会议。1964年4月10日改名为中国微生物学会江西分会，产生了第二届理事会，由易煌、林启鹏、赖东跃、潘达鑫、邱明庆、龚天恩、王宝山七人组成，易煌为理事长，林启鹏为副理事长，秘书何晓青，会员共29名。其中普通微生物学1人，土壤微生物学1人，医学微生物学13人，兽医微生物学5人，病毒学1人，免疫学4人，寄生虫学4人。
1966年文化大革命学会停止活动。1978年根据江西省科协指示，微生物学会恢复活动。挂靠江西医学院，由赖东跃负责成立恢复小组，对老会员进行了重新登记，共44人。同时对全省的微生物学工作者进行了调查摸底，并发展了新会员40余人。
1979年1月21日经省科协批准，第二届理事会正式恢复学会活动。根据省科委（79）赣科协字第04号批准，1980年3月19日至3月21日在江西饭店召开了“江西省微生物学会会员代表大会”，出席会议代表40人，其中医学微生物专业22人，工农基础、兽医方面18人，会议增选了第二届理事会理事13人。连原理事共20人。理事长为易煌；副理事长为赖东跃、潘达鑫、吴海昌；秘书长为赖东跃（兼任）；副秘书长：王宝山、邱明庆；秘书：黄淑云。
学会发展至今已产生十一届理事会，第十一届理事会由38人组成，常务理事由13人组成，魏华当选为理事长，段学辉、李蓉、刘成伟、吴晓玉、龙中儿、万红娇为副理事长，吴晓玉（兼）为秘书长。第十一届理事会含4个工作委员会（组织工作委员会、学术工作委员会、科技开发工作委员会和科普教育工作委员会）以及4个专业委员会（医学微生物学专业委员会，工、农、基础微生物学专业委员会，兽医微生物学专业委员会，免疫学微生物学专业委员会）。目前有新、老会员800余人。
开展学术活动，进行学术交流是学会工作的重要任务之一。1997年9月，江西省微生物学会在庐山举办一次全国性的学术会议，即“97庐山全国微生物学学术研讨会”。在新的时代里，学会积极为推进地方经济发展及科技进步做出应有的贡献。目前学术活动的方式主要有：举行学术年会、学术报告会、专题讲座，举办学习班，组织科普宣传，邀请外国和国内专家讲学，传达出国访问考察报告等。虽然经费紧缺，但学会还是积极开展形式多样的学术活动，为江西省的医学、农业、工业和畜牧业等的发展做出贡献。
学会建立了严格的工作制度。秘书长、副秘书长是学会日常工作主要办事人员，规定每月开碰头会一次。讨论、处理学会工作，凡是有关学会工作，都必须提出讨论，共同作出或提出初步方案或建议。凡重要事件来不及召开常务理事会讨论，则应同理事长协商作决定，或交常务理事会讨论作出决定，以做到民主办会。每季度召开一次常务理事会。每2年召开一次理事会和学术年会。
学会经费来源主要为省科协拨款，个人会员会费、团体会员会费、会员单位资助以及科技服务收入等。
